Pese a la notable resistencia de los yaquis, los españoles continuaban su formidable proceso de dominación. Los sacerdotes católicos encargados de la evangelización de los pueblos conquistados participaron también con tenacidad para limitar la crueldad y los crímenes de los conquistadores. Aunque los soldados no habían podido subyugar a los pueblos de Sonora, los misioneros si habian conquistado las almas y entre los yaquis había un grupo creciente de cristianos.

La batalla final se dió en 1610 cuando el Capitán español, nacido en Zacatecas, Diego Martínez de Hurdaide, tras haber sido derrotado y casi aniquilado por los yaquis, lidereados por el jefe Juan Lautaro recibió inexplicablemente la rendición de los locales.

Los años siguientes sirvieron para el establecimiento de misiones en los principales asentamientos humanos encontrados a lo largo de los ríos. El padre jesuita portugués Pedro Méndez encabezó las labores. Después llegaron otros misioneros, Andrés Pérez de Rivas, Tomás Basilio, Angelo Balesta, Lombardo Natale, Horacio Pollici y Francisco Olimaño, italianos. El último escribió el primer catecismo en lengua yaquí. Asi mismo los misioneros Francisco María Piccolo y Juan María Salvaterra, también italianos, fundaron el puerto de Guaymas.

Although the Yaqui showed a remarkable resistance, the Spanish kept their strong domination process. The Catholic missionaries in charge of the evangelisation of the conquered groups did work hard to attenuate the cruelty and the crimes of the conquerers. If the soldiers did not succeed in submitting the Sonoran peoples the missionaries did succeed in conquering souls and among the Yaqui tribe there was a growing group of christians.

The final battle took place in 1610 when the Spanish Captain, born in Zacatecas, Diego Martínez de Hurdaide, after being defeated and almost killed by the Yaqui, commanded by their Chief Juan Lautaro, received the the mysterious rendition of the locals.

Next years were for the establishment of missions in the main human settlements found along the rivers. The portuguese Jesuit Pedro Méndez headed the works. After him there came other missionaries, Andrés Pérez de Rivas, Tomás Basilio, Angelo Balesta, Lombardo Natale, Horacio Pollici and Francisco Olimaño, italians. The latter wrote the first catechism in Yaqui language. By that time, the missionaries Francisco María Piccolo and Juan María Salvaterra, italians as well, founded the Port of Guaymas.